DATA_DIR=/lhome/mian/data
OUTPUT_DIR=/lhome/mian/data


# chr1_15M, using the SOAP format
#time ./gsnp -i $DATA_DIR/chr1_15M.soap.sort -d $DATA_DIR/chr1_good.fa -o $OUTPUT_DIR/chr1_15M.cns -M $OUTPUT_DIR/chr1_15M.mat -u -t -L 100 -2 -C

# chr1_15M, using the G-Aligner format
time ./gsnp -i $DATA_DIR/chr1_15M.bin -d $DATA_DIR/chr1_good.fa -o $OUTPUT_DIR/chr1_15M.cns -M $OUTPUT_DIR/chr1_15M.mat -u -t -L 100 -2 -C -G -c $DATA_DIR/chr1_15M.cmat





# Ch. 1
#DATA_DIR=/home/luo_group/data/snp_data/human
#time ./gsnp -i $DATA_DIR/human18_sort/human18-chr1 -d $DATA_DIR/hg18_ref/chr1.fa -o $OUTPUT_DIR/chr1.cns -M $OUTPUT_DIR/chr1.mat -u -t -L 100 -s $DATA_DIR/dbSNP/dbSNP.chr1.sort -2 -C


